В Windows Server 2003 аутентификация Kerberos реализована на уровне доменов, что позволяет выполнять одну регистрацию в системе при доступе ко всем ресурсам сети и поддерживать модель распределенной безопасности Windows Server 2003. На любом участке дерева доменов Active Directory протокол Kerberos обеспечивает взаимную аутентификацию, ускоренную аутентификацию и транзитное доверие на аутентификацию. Аутентификация Kerberos в Windows Server 2003 используется для выполнения интерактивной регистрации пользователя в домене. Расширение стандартной аутентификации Kerberos для применения открытого ключа позволяет применять регистрацию в Windows Server 2003 с помощью смарт-карты. Протокол Kerberos реачизован в виде поставщика безопасности, доступ к которому осуществляется с применением интерфейса поддержки поставщика безопасности (Security Support Provider Interface, SSPI).
Поставщик безопасности Kerberos используется клиентом и сервером SMB (Server Message Block). Он также доступен для DCOM, авторизованного RPC и любого протокола, использующего SSPI для обеспечения безопасности информации, передаваемой по сети. SSPI — это интерфейс безопасности Win32, который существует в составе Windows NT, начиная с версии 3.5. Он также поддерживается в Windows 95/98. В SSPI применяются те же архитектурные концепции, что и в наборе программных вызовов общих служб безопасности (Generic Security Services API, GSS-API), соответствующих RFC 1964. SSPI позволяет освободить приложения от непосредственного взаимодействия с протоколами сетевой безопасности.
В системах Windows 2000 и Windows Server 2003 реализован Центр распространения ключей Kerberos (Kerberos Key Distribution Center, KDC). На каждом контроллере домена помимо службы Active Directory имеется служба KDC, выполняющаяся вместе с Active Directory как процесс в привилегированном режиме. Оба процесса осуществляют управление жизненно важной информацией, включая пароли учетных записей пользователей. Active Directory выполняет автоматическую репликацию служебной информации на всех контроллерах домена. Поэтому создавать новые учетные записи пользователей, настраивать членство пользователей в группах или переустанавливать пароли можно на любом контроллере домена. Это означает, что в отличие от Windows NT 4,0, где изменить административную информацию можно было только на главном контроллере домена (Primary Domain Controller, PDC) с последующим обновлением доступных только для чтения реплик на резервных контроллерах домена (Backup Domain Controller, BDC), в доменах Active Directory можно изменять любую реплику каталога, хранящуюся на некотором контроллере домена.