Физическая структура каталога определяется физической структурой вычислительной сети. В зависимости от пропускной способности коммуникационных линий администратор разделяет вычислительную сеть на области, получившие название сайтов. Сайт (site) представляет собой совокупность подсетей, соединенных между собой высокоскоростными линиями связи.
Предполагается, что сайты соединяются друг с другом коммуникационными линиями с небольшой пропускной способностью.
Под термином "подсеть" в данном случае понимается подсеть IP. Администратор может создать в каталоге объекты, ассоциируемые с подсетями. Границы сайта описываются именно этими объектами.
Физическая структура сети, как правило, не является зеркальным отображением логической (доменной) структуры. Сайты представляют собой самостоятельные образования, напрямую не зависящие от доменной структуры вашей сети. Хотя администратор может использовать домены для регулирования трафика репликации, зачастую структура сайтов не отображается на иерархию доменов. Сайты не являются частью пространства имен каталога, они лишь характеризуют его физическую структуру. Это означает, что принадлежность объекта к тому или иному сайту не влияет на его положение в каталоге. Выбор того или иного сайта определяется, прежде всего, тем, в какой подсети физически находится данный объект. Например, в зависимости от того, на каком компьютере пользователь входит в сеть, он может рассматриваться как находящийся то в одном, то в другом сайте.
Поскольку структура сайтов реализуется независимо от структуры доменов, один домен может быть разделен на несколько сайтов и, напротив, один сайт может быть образован фрагментами нескольких доменов.
Структура сайтов является основным механизмом, посредством которого администратор может влиять на формирование топологии репликации. Поскольку считается, что сайты соединяются друг с другом медленными линиями связи, репликация изменений внутри сайта и между сайтами имеет несколько различий. Внутри сайта контроллеры домена соединены линиями с высокой пропускной способностью. Соответственно, произведенные изменения могут сразу же реплицироваться между контроллерами домена. Для репликации между сайтами обычно применяется передача изменений по определенному расписанию. Кроме того, в этом случае характерно использование маршрутов, основанных на стоимости доступных коммуникационных линий. В случае репликации между сайтами администратор может прибегнуть к сжатию передаваемых данных.