Совместимость многих часто используемых приложений и служб терминалов была проверена. Для корректной работы на терминальном сервере некоторые приложения требуют незначительных изменений после инсталляции. Для этих приложений доступны сценарии, которые должны быть применены после установки программы. Сценарии расположены в каталоге %SystemRoot%\Applicalion Compatibility Scripts\Install.