Вся приходящая почта размещается в специальном почтовом хранилище (mail store). По умолчанию почтовое хранилище располагается в папке %SystemDisk%\Inetpub\mailRoot\Mailbox. Хранилище представляет собой совокупность папок. Эти папки организуются в соответствии с определенным принципом. Организация сообщений осуществляется на уровне почтовых доменов и почтовых ящиков. Как уже упоминалось ранее, почтовый ящик представляет собой папку, в которую помещаются все приходящие на определенного получателя сообщения. В рамках хранилища почтовые домены представляют собой папки, в которых помещаются принадлежащие к ним почтовые ящики. Например, путь к содержимому почтового ящика получателя lex, принадлежащего к почтовому домену ayan. ru, будет следующим: \inetpub\mailroot\mailbox\ayan.ru\lex. rnbx\
В процессе обмена сообщениями объем почтовых ящиков пользователей может постепенно увеличиваться. В случае бесконтрольного увеличения это может привести к истощению свободного дискового пространства, выделенного для почтового хранилища, что может парализовать работу всей почтовой службы. Для автоматизации процесса контроля администратор может задействовать механизм квот на использование дискового пространства.